В период алхимии проявился талант таджикского ученого Авиценны (ибн-Сины, 980-1037). Им разработана классификация различных веществ, впервые предложен способ получения перегнанной воды. Именно Авиценну по праву считают одним из основателей фармации, впрочем как и фармакологии. Его труд «Канон врачебной науки», в пяти томах которого он обобщил достижения греческой, индийской, ирано-арабской медицины, снискал ему мировую славу. Им описано 811 лекарственных средств минерального, растительного и животного происхождения и много способов изготовления сложных лекарств.
Период иатрохимии(ХУ1—XVII-вв.). В эпоху Возрождения на смену алхимии пришла иатрохимия (лечебная химия). Ее основатель — Парацельс Филипп Гогенгейм (1493—1541) считал, что «не добыванию золота, а защите здоровья должна служить химия». Сущность его учения заключалась в том, что организм человека представляет совокупность химических веществ, и недостаток каких-либо из них может вызвать заболевание, вот почему для лечения он применял соли металлов, серу и другие химические вещества. Он усовершенствовал и предложил ряд приборов и аппаратов для выполнения анализа. Поэтому его по праву считают одним из основоположников фармацевтического анализа, а иатрохимию — периодом зарождения фармацевтической химии. Местом же зарождения явились аптеки, которые в то время были своеобразными центрами по изучению химических веществ. В них получали и исследовали вещества минерального, растительного и животного происхождения, что позволяло накопить новые химические знания и совершенствовать химический эксперимент. За 100 лет развития иатрохимии химия обогатилась большим количеством фактов, чем алхимия за 1000 лет.
Период зарождения первых химических теорий (XVII—XIX вв.). Однако для развития промышленного производства потребовалось расширить рамки химических исследований за пределы иатрохимии. Это привело к созданию первых химических производств и к формированию химической науки.
Во второй половине XVII в. появилась первая химическая теория - теория флокистона. Авторы (И. Бехер, 1635-1682 и Г. Шталь, 1660—1734) пытались доказать, что процессы горения и окисления сопровождаются выделением особого вещества «флокистона».
Эту теорию сменила кислородная теория. У ее истоков стоял М. В. Ломоносов (1711—1765). Хотя сам кислород еще не был открыт, но М. В. Ломоносов доказал экспериментально, что в процессе горения и окисления происходит не разложение, а присоединение веществом «частиц» воздуха. Кислород же впервые выделил шведский ученый — фармацевт К. Шееле (1742—1786). Он также открыл хлор, глицерин, ряд органических кислот и другие соединения.
Особенно много химических и фармакологических веществ было выделено во второй половине XVIII в.: хлор, бериллий (Л. Воклен, 1763-1829), йод из морских водорослей (Б. Куртуа, 1777-1836), морфин из опия (Сеген), стрихнин, бруцин и другие алкалоиды (Пельтье и Кавенту). Аптекарь Мор способствовал развитию фармацевтического анализа совершенствованием и созданием нового оборудования и химической посуды (бюретки, пипетки, аптечные весы и др., которые носят его имя). Многое сделали для развития фармацевтической химии и другие исследователи.
Развитие фармацевтической химии в России. Зарождение фармации в России связано с народной медициной и знахарством. В старинных рукописных «лечебниках» и «травниках» содержатся сведения о многих лекарствах растительного и животного происхождения. Первыми ячейками аптек в России (XIII—XV вв.) явились зелейные лавки. В эти времена возник и фармацевтический анализ, поскольку возникла необходимость проверки качества лекарств. Уже в XVI—XVII вв. русские аптеки являлись своеобразными лабораториями по изготовлению не только лекарств, но и кислот (серной и азотной), квасцов, купоросов, очистки серы и др., необходимых для различных ремесел. Следовательно, они были местом зарождения фармацевтической химии. Характерно, что в России почти не были восприняты идеи западных алхимиков.